軟體列表

刺身プロジェクト ホスト トランス プロテオーム パイプライン (TPP)、基づく量産仕様 (MS、MS/MS) のためのツールの成熟したスイート プロテオミクス: 統計的検証、定量、視覚化、および私たちのオープン mzXML 形式に raw の MS データからコンバーター。

MZmine 2 は Java で書かれた質量分析データの差分解析フレームワークです。

BioNLP コーパスは biomedically と言語的コーパスと医用データ ソースのリポジトリです。このプロジェクト内の別々 のパッケージで利用できる多くのリソースがあります。

!TraceViewer は、彼/彼女のトレース データを効率的に分析するために望んでいる生物学者に必要ないくつかの機能を提供します。

!ProbeMaker はオリゴヌクレオチドのプローブのセットの設計のためのフレームワークです。プローブを別のシーケンスの要素の構成のさまざまな種類のデザインをことができます。プラグイン機構で新しい機能を持つフレームワークを拡張をできます。

 - 可視化、実験とシミュレーションの核磁気共鳴 （NMR） スペクトルの処理のための無料のソフトウェア ツールです。

化学物質の毒性の危険性を推定する GUI アプリケーションです。最新バージョンは、次の毒性予測モジュールを含む:-Cramer のルール （経口毒性） - Verhaar を介してアクションの毒性モード スキーム - 皮膚の炎症や目の炎症の予測 - ベニーニ/ボッサ ルールベースの変異原性および発がん性の予測-開始の生分解性と永続性の予測-皮膚感反応性ドメイン - クルースは TTC デシジョン ツリー - SMARTCyp - Cytochrome P450-Mediated 薬物代謝と代謝予測-in vivo 小核試験の構造警告アッセイの齧歯動物 (ISSMIC) で-構造アラート機能グループ識別 (ISSFUNC)-結合蛋白結合に関連する構造のアラートDNA の結合。-Ames 変異原性 Toxtree を推定への異なるアプローチを組み込むプラグイン フレームワークを提供します。プラットフォームに依存しない (Java で書かれた) 化学開発キットを使って。

mzMatch は小さなコマンドライン ツール メタボロミクス データ分析の特定の Java コレクションです。ツールは、質量分析の特定の機能と PeakML ファイル形式へのアクセスを提供する PeakML コア ライブラリの上に構築されます。

!RasTop は蛋白質、核酸、人気 Rasmol ソフトウェアに基づいて小分子の可視化分子グラフィック プログラムです。プログラムは、急速な可視化と分子の解析を目指しています。

NMRShiftDB は、化学構造と核磁気共鳴データについては、オープン ソース、オープン アクセス、オープン提出、オープン コンテンツの web データベースです。

ケモインフォマティックスや C++ と Python で書かれた機械学習ソフトウェアのコレクションです。コア アルゴリズムとデータ構造は、C++ で書き込まれます。ラッパーは、Python Java からツールキットを使用してに提供されます。さらに、RDKit 分布には分子リレーショナル データベースに格納されているし、下部組織との類似性検索を介して取得することができます PostgreSQL ベースのカートリッジが含まれています。