APBSは、広範囲な長さのスケールの分子溶質間の静電相互作用をを記述する連続体モデルのための、ポアソン・ボルツマン方程式の数値解法のソフトウェアパッケージです。http://apbs.sf.net/
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Avogadroは、計算化学、分子モデリング、バイオインフォマティクス、材料科学、およびそれらの関連分野で使用するための高度でクロスプラットフォームな分子エディタです。柔軟なレンダリングのフレームワークと強力なプラグインアーキテクチャを提供しています。
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Molby is a software for building molecular models on the graphic screen. It works on Mac OS X and Windows. It can import and export files for other computational chemistry softwares such as GAMESS and Gaussian. It can also edit molecules by script...
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Register Date: 2010-01-21 01:18
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化学物質の毒性の危険性を推定する GUI アプリケーションです。最新バージョンは、次の毒性予測モジュールを含む:-Cramer のルール （経口毒性） - Verhaar を介してアクションの毒性モード スキーム - 皮膚の炎症や目の炎症の予測 - ベニーニ/ボッサ ルールベースの変異原性および発がん性の予測-開始の生分解性と永続性の予測-皮膚感反応性ドメイン - クルースは TTC デシジョン ツリー - SMARTCyp - Cytochrome P450-Mediated 薬物代謝と代謝予測-in vivo 小核試験の構造警告アッセイの齧歯動物 (ISSMIC) で-構造アラート機能グループ識別 (ISSFUNC)-結合蛋白結合に関連する構造のアラートDNA の結合。-Ames 変異原性 Toxtree を推定への異なるアプローチを組み込むプラグイン フレームワークを提供します。プラットフォームに依存しない (Java で書かれた) 化学開発キットを使って。
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LAMMPSは並列計算機のために設計された古典的な分子動力学シミュレータです。これは様々な力場と境界条件を使用して、原子、高分子、生物、金属、中規模システムのモデルを作ることができます。また、簡単に変更したり拡張することができます。
Mac osx 版、もう os9 をサポートしていない Lepard にアップグレードします。このプロジェクトはビルド DNA ストライダー飛竜のヘルプをユーザーが自分のデータを取得し、いくつかの基本的な DNA の実行を分析関数。
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（ジャワ） における次世代シーケンシング形式のデータを BAM (http://samtools.sourceforge.net) を扱うためのツールのセットです。
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ERmod （エネルギー表現モジュール） は、エネルギー表示法による溶媒和自由エネルギーを計算するためのプログラム (j. 化学物理 113、6070 (2000))。プログラムは、不均一系を含む、任意の溶剤の溶媒和自由エネルギーを計算することができる、NAMD、GROMACS やオレンジなどの最先端の分子シミュレーション ソフトウェアとの連携で実行することができます。
様々なケムインフォマティクスアプリケーションで使用するための化学構造のスケッチツールです。MDL MOLファイルの作成と編集に適しています。
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!ProbeMaker はオリゴヌクレオチドのプローブのセットの設計のためのフレームワークです。プローブを別のシーケンスの要素の構成のさまざまな種類のデザインをことができます。プラグイン機構で新しい機能を持つフレームワークを拡張をできます。
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このパッケージは短い読み取り DNA シーケンシング技術で使用するためのコードが含まれているし、チップ Seq、シーケンス処理全体トランスクリプトーム散弾銃、全ゲノムの散弾銃の配列、SNP 検出、転写産物発現およびファイル変換パッケージが含まれています。
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