あなたがオペレーティングシステムをスタートする際には bootloader が呼ばれます。Puppy Linux のこのバージョンでは2つの選択肢が用意されています:
その2つとは、GRUB とGrub4Dos です。GRUB は厳密に EXT2、EXT3、EXT4 といった Linux 向けのファイルシステムを対象にしていますが、Grub4Dos は Linux と Windows のファイルシステムどちらでも利用可能です。
何年にも渡って GRUB が使われてきて実績もあるのですが、いざ理解しようとすると難解です。
GRUB のとても良いチュートリアルを読むにはここをクリックしてください。