Cygwin Bash Shellを「管理者として実行(A)...」したところxkeymacsからの識別に成功して、デフォルトで無効にする処理が行われるようになりました。cmd.exeを「管理者として実行(A)...」しところ、xkeymacsからは「管理者(管理者.exe)」として見えるようになりました。
解決方法がわかりました。Windows 7からはコンソールアプリケーションがすべてconhost.exeに見えるので、IsConsoleにconhost.exeのチェックを入れるといいようです。
最新のスナップショットで解決済みです。
Fork
Windows 7でcmd.exeやbash.exeなどのコンソールアプリケーションの識別に失敗しています。cmd.exe用の特別な処理やbash.exeでデフォルトで無効にするといった処理が行われません。XKeymacsのプロパティからは、それぞれ「bash (bash.exe)」、「コマンド プロンプト (cmd.exe)」として見えていますが、「XKeymacs を無効にする」を選択しても無効になりません。