Toshiaki Katayama
ktym****@hgc*****
2011年 1月 28日 (金) 03:10:25 JST
八谷さん ちょっと間があいてしまいましたが、さきほどこちらのMLに告知文を 流させていただきましたので、現場の会の方との連携よろしくお願いします。 NGSのご発表、ご快諾いただきどうもありがとうございます。とても楽しみです！ なお、お手数ですが、参加・宿泊申し込みページで「講演アリ」を選択し、 3/11までにアブスト等を佐藤先生までご連絡頂ければ幸いです。 > 現場の会で、開発して欲しいツールのリクエストなどしてみたら、 > 相乗効果が生まれそうですね。 これ面白いと思います。ぜひよろしくお願いします。 最近 BioRuby のプラグイン開発でも NGS 周りを進めることになってきていて どのようなツールをラップしたりワークフローを作りたいかということを 調査したいと思っていたところなので期待しています。 片山 On 2011/01/18, at 19:55, Keio Univ. Tsuyoshi Hachiya wrote: > 片山さん、荒川さん、にかいどうさん、みなさま > > 研究会の準備をお疲れさまです。 > こっそりと open-bio-info に入っていた八谷＠慶應大です。 > ご指名＆ご連絡ありがとうございました。 ＞荒川さん > > 喜んで、NGS のお話をさせていただきます。 > また、ハッカソンにも興味ありありで、混ぜていただけたら嬉しいです。 > > NGS 現場の会への告知も、お引き受けしました。 > 現場の会で、開発して欲しいツールのリクエストなどしてみたら、相乗効果が生 > まれ > そうですね。 > ご指示いただければ何でも動きますので、よろしくお願いします。 > とりあえずは、案内文のテンプレートなどお待ちしています：） > > ---- > Keio Univ. Tsuyoshi Hachiya > hacch****@dna***** > > On 2011/01/18, at 13:52, Toshiaki Katayama wrote: > >> 荒川さん >> >> そうですね。 >> 自分でメールしても良いところ、お手数ですがお願いします。 >> >> あと、第１４回のテーマにNGS関連を入れる方向になってきて >> いますので、八谷さんの方からNGSのMLで告知をお願い出来れば >> 相乗効果があって良いのかも。宿泊等の情報を含むSIG-MBIからの >> 告知文は、こちらにも数日内に流せると思います。 >> >> 片山 >> >> On 2011/01/18, at 13:39, Kazuharu Arakawa wrote: >> >>> 荒川です。 >>> >>> NGS現場の会としては代表の慶應・八谷さんが良いかと思いますが、声かけて >>> みましょうか？ >>> http://www.dna.bio.keio.ac.jp/member.html >>> >>> >>> Kazuharu Arakawa, Ph.D. >>> Institute for Advanced Biosciences, Keio University >>> 252-8520 Japan Tel/Fax: +81-466-47-5099 >>> >>> >>> On 2011/01/18, at 11:52, Toshiaki Katayama wrote: >>> >>>> 二階堂さん、荒川さん、返信ありがとうございます。 >>>> >>>> それでは、 >>>> >>>> 1. 初日の SIG-MBI のセッションでも関連する話題で誰かに話してもらう >>>> 2. 夜の部～２日目は例えば NGS や大規模計算などのソフト面での情報をド >>>> キュメントに整理したり hack したりする >>>> 3. ２日目には全員で４コマプレゼンも行う >>>> >>>> という感じで行きましょうか。 >>>> >>>> 1. はNGS現場の会からどなたか話に来てくださるとうれしいですね。 >>>> >>>> 2. については、僕はゲノム解析やトランスクリプトーム解析のツールや >>>> フォーマットの比較解説をした日本語ページとか作れるといいなと思ってい >>>> ます。 >>>> >>>> 3. ４コマプレゼンの申し込みは、タイトルの事前受付歓迎ですが、別に困 >>>> ることも >>>> 手間もないので今年から当日の飛び入り参加も OK という形で募集しようと >>>> 思います。 >>>> >>>> 片山 >>>> >>>> On 2011/01/17, at 23:10, Kazuharu Arakawa wrote: >>>> >>>>> 荒川です。 >>>>> >>>>> 二階堂さんがリストされたコンテンツ（に限らないが見本として）を軸と >>>>> して４コマプレゼンで良いと思います。 >>>>> 初日のスピーカーは数人ピンポイントでこれらのテーマで活きのいい人を >>>>> リクルートしつつ話してもらうなどしても良いかもしれません。 >>>>> >>>>> >>>>> >>>>> >>>>> Kazuharu Arakawa, Ph.D. >>>>> Institute for Advanced Biosciences, Keio University >>>>> 252-8520 Japan Tel/Fax: +81-466-47-5099 >>>>> >>>>> >>>>> On 2011/01/17, at 17:56, Itoshi NIKAIDO wrote: >>>>> >>>>>> みなさま >>>>>> >>>>>> にかいどうです。 >>>>>> >>>>>> スタッフMLにも流したのですが、コンテンツとしては >>>>>> >>>>>> 流行りのNGS関連 >>>>>> - 次世代シーケンス(NGS)関連のデータフォーマット情報の整理 >>>>>> - NGS解析パイプラインの作成と共有 >>>>>> - NGSデータと SW >>>>>> >>>>>> 大規模計算の基礎と実例 >>>>>> - 機械学習のアルゴリズムを分散環境で実行する >>>>>> - 大量のデータをデータベースにのせて、どのようにアクセスするか >>>>>> >>>>>> このあたりの話題、特にソフトウェアやハックの部分などの話が >>>>>> あったらopen-bio らしくていいかな、と思います。 >>>>>> >>>>>> 以前、オープンスペーステクノロジー形式で情報を整理するような >>>>>> イベントをやったことがありますが、あんなイメージですね。 >>>>>> >>>>>> Itoshi NIKAIDO, Ph.D. >>>>>> FF20 8296 ED6F D9E5 7D05 8A0F 65D8 C2F5 C8D7 2CE2 >>>>>> >>>>>> >>>>>> >>>>>> 2011/1/17 Toshiaki Katayama <ktym****@hgc*****>: >>>>>>> みなさま >>>>>>> >>>>>>> 今年もよろしくお願いします（遅っ >>>>>>> >>>>>>> 年末にご報告したとおり、次回研究会は 3/25-26 に例年通り SIG-MBI >>>>>>> と共催で >>>>>>> JAIST にて開催したいと考えていますが、そろそろ、どのような企画で >>>>>>> 行うか >>>>>>> 大急ぎで決めなくてはいけません (^^;;; >>>>>>> >>>>>>> http://open-bio.jp/?meeting14 >>>>>>> >>>>>>> まずはアナウンスの都合上、4コマプレゼンを継続するかどうかご意見頂 >>>>>>> きたいのですが、 >>>>>>> いかがでしょうか。 >>>>>>> >>>>>>> # 全員がお互いに話題を提供する良いきっかけになり、有意義な議論も >>>>>>> 起こっていたので、 >>>>>>> # ワタクシ個人的には継続しても良いのではないかとは思っています。 >>>>>>> >>>>>>> 二階堂さんが書かれているように hackathon や documentation につい >>>>>>> ては >>>>>>> みなさんにネタを持ち寄って頂ければ十分に可能だと思いますし、 >>>>>>> いつかのように夜通し hack して過ごすグループが多数出てくるのも楽 >>>>>>> しみです。 >>>>>>> （コレをうけて4コマプレゼンの内容を発表直前に変えていただいても >>>>>>> ok でしょう） >>>>>>> >>>>>>> 一方、今回から参加して頂ける方にも有意義な時間となるよう、その他 >>>>>>> の企画案も >>>>>>> じゃんじゃん募集中です。 >>>>>>> >>>>>>> 片山＠４コマプレゼンってなんですか？のような返信も歓迎～ >>>>>>> >>>>>>> >>>>>>> On 2010/12/19, at 15:12, Itoshi NIKAIDO wrote: >>>>>>> >>>>>>>> みなさま >>>>>>>> >>>>>>>> にかいどうです。 >>>>>>>> >>>>>>>> 今回は必ず参加したいと思います。 >>>>>>>> >>>>>>>> 企画ですが、僕としては今までの企画のなかで、Hackathon や >>>>>>>> ドキュメンテーションのように、実際に実装・活動するイベント >>>>>>>> が楽しかったのでそのような企画があると良いと思います。 >>>>>>>> >>>>>>>> また4コマプレゼンも人気があったようですが、僕は参加できて >>>>>>>> いないので、誰かコメントをお願いします。 >>>>>>>> >>>>>>>> オープンスペースも面白いのですが、ある程度の人数と人材の >>>>>>>> ヘテロさがないと、ちょっとゆるっとしちゃう感じだった >>>>>>>> 気がします。 >>>>>>>> >>>>>>>> みなさん如何ですか? >>>>>>>> >>>>>>>> Itoshi NIKAIDO, Ph.D. >>>>>>>> FF20 8296 ED6F D9E5 7D05 8A0F 65D8 C2F5 C8D7 2CE2 >>>>>>>> >>>>>>>> >>>>>>>> >>>>>>>> 2010/12/18 Toshiaki Katayama <ktym****@hgc*****>: >>>>>>>>> みなさま >>>>>>>>> >>>>>>>>> 先週の分子生物学会では、BioRuby と G-language の10周年と KNOB >>>>>>>>> の８周年、 >>>>>>>>> そしてオープンバイオ研究会の６周年を、関係者と共にお祝いしてき >>>>>>>>> ました。 >>>>>>>>> >>>>>>>>> また、次世代シークエンサ現場の会 NGS-Field とも、分生の会期中に >>>>>>>>> 交流が図られ、 >>>>>>>>> NGS-Field が生命情報科学若手の会から独立して業界横断的にメン >>>>>>>>> バーを募集するなど、 >>>>>>>>> 活発な動きがありました。 >>>>>>>>> >>>>>>>>> 今週の JSBi では、BioRuby 関係者を中心に６名という少人数ではあ >>>>>>>>> りましたが >>>>>>>>> ホテルの会議室を借りて開発を中心としたミニ研究会を開くことがで >>>>>>>>> き、 >>>>>>>>> 有意義な時間を過ごすことができました。 >>>>>>>>> >>>>>>>>> そんな中、恒例となった SIG-MBI との共催を続けるかどうかについて >>>>>>>>> も >>>>>>>>> 議論があったのですが、オープンバイオ研究会としては北陸先端大で >>>>>>>>> の >>>>>>>>> 研究会を「初心に立ち返って楽しめる機会」として継続することにし >>>>>>>>> ました。 >>>>>>>>> >>>>>>>>> ということで、佐藤先生のご協力により SIG-MBI との共催で、 >>>>>>>>> >>>>>>>>> ＊＊＊ 次回のオープンバイオ研究会は 2011/3/25-26 ＊＊＊ >>>>>>>>> >>>>>>>>> に例年どおり北陸先端大 JAIST で開催する予定となりました。 >>>>>>>>> 年度末ギリギリではありますが、ぜひ日程を空けておいてください！ >>>>>>>>> >>>>>>>>> これまで、研究会の企画はスタッフの方で検討していましたが、個人 >>>>>>>>> 的には >>>>>>>>> 研究会の名前の通りもっとオープンな会であり続けて欲しいと思って >>>>>>>>> いますので、 >>>>>>>>> 何をやらかすか、今後はこちらのメーリングリストで議論しましょ >>>>>>>>> う。 >>>>>>>>> >>>>>>>>> まずは「こんな企画でやりたい」というご意見を募集します！ >>>>>>>>> >>>>>>>>> --- >>>>>>>>> >>>>>>>>> 2010年3月の第13回研究会で、オープンバイオ研究会は、より広くオー >>>>>>>>> プンバイオを >>>>>>>>> 役立てることができるよう、また参加者として我々も楽しみ続けるこ >>>>>>>>> とができるよう、 >>>>>>>>> さまざまな他のグループと共催しつつ多方面との交流を図る方針で合 >>>>>>>>> 意し、 >>>>>>>>> 今年度はライフサイエンスバーのような楽しいコラボ企画を推進して >>>>>>>>> きました。 >>>>>>>>> >>>>>>>>> 来年度もこの方針は変わらず、 >>>>>>>>> >>>>>>>>> * 次世代シークエンサ現場の会 NGS-Field >>>>>>>>> http://ngs-field.org >>>>>>>>> >>>>>>>>> * 日本サイエンスビジュアリゼーション研究会 >>>>>>>>> http://www.geijutsu.tsukuba.ac.jp/~satanaka/s/jssv.html >>>>>>>>> >>>>>>>>> * Next Biological Analysis (NBA) >>>>>>>>> http://nba.se-se.jp/ >>>>>>>>> >>>>>>>>> * 生命情報科学若手の会 >>>>>>>>> http://bioinfowakate.org/ >>>>>>>>> >>>>>>>>> * 人工知能学会 分子生物情報研究会 SIG-MBI >>>>>>>>> http://www.sigmbi.jp/ >>>>>>>>> >>>>>>>>> * 情報処理学会 バイオ情報学研究会 SIG-BIO >>>>>>>>> http://www.ipsj.or.jp/katsudou/sig/sighp/bio/ >>>>>>>>> >>>>>>>>> * 日本バイオインフォマティクス学会 応用システムバイオロジー研究 >>>>>>>>> 会 SysBio >>>>>>>>> http://www.jsbi.org/sigs_wgs/sysbio/ >>>>>>>>> >>>>>>>>> などと共催の機会を作っていければと考えています。関係者の方々よ >>>>>>>>> ろしくお願いします。 >>>>>>>>> >>>>>>>>> なお、オープンバイオ研究会自体は特にどこかの学会組織などの色が >>>>>>>>> つかない、 >>>>>>>>> オープンなコミュニティとして存続するのが良いのではないかと考え >>>>>>>>> ています。 >>>>>>>>> >>>>>>>>> かたやま >>>>>>>>> >>>>>>>>> _______________________________________________ >>>>>>>>> open-bio-info mailing list >>>>>>>>> open-****@lists***** >>>>>>>>> http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/open-bio-info >>>>>>>>> >>>>>>> >>>>>>> _______________________________________________ >>>>>>> open-bio-info mailing list >>>>>>> open-****@lists***** >>>>>>> http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/open-bio-info >>>>>>> >>>>>> >>>>>> _______________________________________________ >>>>>> open-bio-info mailing list >>>>>> open-****@lists***** >>>>>> http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/open-bio-info >>>>> >>>> >>>> _______________________________________________ >>>> open-bio-info mailing list >>>> open-****@lists***** >>>> http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/open-bio-info >>> >> >> _______________________________________________ >> open-bio-info mailing list >> open-****@lists***** >> http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/open-bio-info > > _______________________________________________ > open-bio-info mailing list > open-****@lists***** > http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/open-bio-info
