nishimoto nishimoto NVDA 2013.3 の設定プロファイル機能は、一部の設定項目については「設定プロファイルで動的に変更できない項目」として扱うようになっています。
これはセクションごとに区別され、 config/init.py で BASE_ONLY_SECTIONS として定義されています。
現状では「日本語設定」のセクションはここに含まれていないので、アプリケーション切り替えなどのトリガーで切り替えができてしまいます。
しかし、少なくとも「日本語版の文字入力拡張」オプションは再起動するまで反映できないので BASE_ONLY_SECTIONS に含めるべきです。
現状では SECTION の特定の項目だけ BASE_ONLY にすることができないので、このオプションだけを別のセクションに移す（ユーザーインタフェースとしては変更しないで nvda.ini の内部仕様だけを変更する）か、あるいは、この機会にこのオプションの廃止を再検討すべきかも知れません。
nishimoto 実際に動作確認したので、先ほどのコメントの間違いを訂正します。
NVDA 2013.3jp でアプリケーション notepad でトリガーされる設定プロファイルを作って「日本語版の文字入力拡張」をチェックなしにすると、メモ帳だけ Microsoft IME の読み上げが NVDA 本家版と同じになる、という挙動になっています。
日本語版の文字入力オプションを廃止するかの議論において、ほかの機能との整合性の不具合があるかどうか、もう少し検討してみますが、いったんチケットの重要度・優先度を通常に戻します。
Screen Reader NVDA Japanese
Fork
NVDA 日本語版の日本語設定「日本語版の文字入力拡張」（デフォルトは有効）は、無効にすると文字入力サポートが NVDA 本家版と同じ挙動になります。
主な目的は nvdajpime モジュールを無効化して動作を安定させたい、あるいはデバッグのために動作を比較したい、というニーズにこたえることでした。
しかし、2013.1jp からは nvdajpime モジュールを廃止して本家の実装とごくわずかのパッチで日本語入力をサポートするようになったため、このオプションはもう必要ないかも知れません。
むしろ、意図せず無効化されたときに起きるトラブルを回避するために、廃止するほうがよいという可能性もあります。