参考までに、同一コードで HiraKakuProN-W6.otf にした pdf ファイルを添付しました。 This is LuaTeX, Version beta-0.70.2-2012062819 (TeX Live 2012) で typeset
LuaTeX が OpenType フォントを読み込む際に使うと思われる（まだ推測段階），Adobe-Japan1-6.cidmap を見てみました． その中には，
231 2002 232 /uni0021.hwのような 2 通りの記述があり，多分前者で U+2002 → CID 231 という対応を作っていると思われます．
Adobe-Japan1-6.cidmap によって，プロポーショナル字形の CID に対応させられる Unicode 中の文字を AJ16_cidmap_prop.pdf にまとめました． 小塚明朝 Pr6N R の 'fwid' feature (Full Widths) で置換されるものがあれば，その内容も書いています． 表中の「重複」は，fwid 適用によって Unicode → CID が多対1になってしまうものです．
commit 0c68dbd (kitagawa_test) で対策したつもりです．
OpenType の pwid, palt 属性が明示的に有効になっていない（この判定でよいが疑問）ときに， ltj-pretreat.lua 中の fmtable テーブル（内容は AJ16_cidmap_prop.pdf の「○」つき行と同じ）に従ってグリフを置き換えています．
Fork
前から気になっていたことなのですが，小塚フォントを LuaTeX で用いると， 三点リーダー（U+2026）がプロポーショナル字形で組まれてしまいます． （下記ソースの組版結果を ellip.pdf として添付します）
\documentclass{article} \usepackage{luatexja-fontspec,luatexja-otf,array} \setmainjfont{KozGoPro-Heavy.otf} \begin{document} \begin{tabular}{l>{\Large\vrule height .88\zh depth .12\zh}l% <{\vrule height .88\zh depth .12\zh}} 標準&…\\ CID~124&\CID{124}\\ CID~668&\CID{668}\\ U+2026&\ltjjachar"2026\\%" U+22EF&\ltjjachar"22EF\\%" \end{tabular} \end{document}三点リーダーが Unicode で Horizontal ellipsis と同じ位置なので， ある意味この結果は理解できなくもない……のですが，この結果は不自然です． 「和文文字扱いの時だけ標準で CID 668 の全角字形にする」といったことはできないでしょうか？