From gaou ＠ sfc.keio.ac.jp  Sat Sep  8 08:49:21 2007
From: gaou ＠ sfc.keio.ac.jp (Kazuharu Arakawa)
Date: Sat, 8 Sep 2007 08:49:21 +0900
Subject: [Glang-devel] 1.7.3 released
Message-ID: <17616C72-D65C-46AF-B095-D66D43E862C0@sfc.keio.ac.jp>

g.

1.7.3リリースしました。多分結構不安定です。

BluebirdとOrochiを統合して、G::DB::BDB, G::DB::BDBIという名前の
クラスを実装しました。BluebirdとOrochiの実装はとりあえず一段落、
という感じです。Bluebirdに関して詳しくは以下をご覧ください。
http://www.g-language.org/data/www.g-language.org/moin/moin.cgi/Bluebird_a4_c8_a4_cf
感覚的には、オブジェクト指向を敢えて使っていないActiveRecordパターン、
あるいはO/Rマッパーのようなもの、だと考えてもらっていいと思います。

アーキテクチャの変更としては、SQLiteをバックエンドに使うように
なっています。


データベースのインストール、設定、などなど、面倒な作業は
一切不要です。db_saveとdb_loadがほぼsdb_save, sdb_loadと
同じように動くと思ってもらっていいです。

例えば、
$gb = new G("ecoli");
db_save($gb, "ecoli");
$gb = db_load("ecoli");

これだけで、二回目に読み込まれた$gbはBluebird型になっています。
全ての$gbの中でのメモリアクセスは、実メモリではなくデータベースに
向きます。

実メモリに取り込むには、
$gb = db_load("ecoli", "clone");
とします。

無限に深い多次元ハッシュを格納できます。もちろん、Gの構造体で
ある必要は全くなく、むしろそうでない方が適しているはずです。

また、外部のデータベース、例えばEnsemblなんかも、普通に
メモリで扱うのと同じように、構造体で扱えます。ダウンロードは
せずに、あくまで構造体のポインタが外部データベースに飛ぶ
構造になっています。

例えば：
  $db = db_load("gene",  -driver=>"mysql", -database=>"mus_musculus_core_46_36g", 
                      -host=>"ensembldb.ensembl.org", -port=>3306, -primarykey=>"gene_id");
  say $db->{239967}->{status};

ある程度はキャッシングをしているので、今の段階でもそれなりに
高速です。（保存は時間がかかります）

基本的にこれからパフォーマンス向上やインタフェース改良しますので、
まだ仕様が変わる可能性があります。なので、ドキュメントはその辺が
確定次第追加します。




Changelogは以下の通り。

===== v.1.7.3    2007.09.08 =====

       *p, say, puts are moved to G::Messenger (from G::Shell::Log) and are exported by default.
       *fixed line-break bug for $gb->output() (in G::IO::GenBankO) introduced by the 1.7.2 update.
       *made $gb->cds() depend on $gb->feature()
       *G::DB::BDB (codename: Bluebird and Orochi) implemented. Something like following works now:)

  $db = db_load("gene",  -driver=>"mysql", -database=>"mus_musculus_core_46_36g", 
                      -host=>"ensembldb.ensembl.org", -port=>3306, -primarykey=>"gene_id");
  say $db->{239967}->{status};
       
exported methods are:

                 db_dbi
                 db_exists
                 db_path
                 db_set_path
                 db_save
                 db_load
 
most work just like sdb in G::DB::SDB.

      *G::DB::GDBI, G::DB::GDBAPI (previous versions of Orochi) are removed.



From gaou ＠ sfc.keio.ac.jp  Sat Sep  8 21:03:03 2007
From: gaou ＠ sfc.keio.ac.jp (Kazuharu Arakawa)
Date: Sat, 8 Sep 2007 21:03:03 +0900
Subject: [Glang-devel] 1.7.4 released
Message-ID: <31B2DE61-97BF-4923-AEFF-AB96A718B132@sfc.keio.ac.jp>

g.

1.7.4リリースしました。

G::Prelude, G::Skylineなど重要なモジュールの名前を変更しています。
以前のバージョンの仮想メモリと互換性がないので、Shellで
clear_cacheして下さい。

コアモジュールのクラス構造を整理し、BioperlとBluebirdまわりの
バグをフィックスしました。BioPerlまわりは結構バグがありましたが、
ようやくgcskew($bio_seqio_instance)みたいに問題なく出来るように
なっているはずです。

Infinityも着々と準備中です。


===== v.1.7.4    2007.09.09 =====
  *G::Prelude is renamed to G::IO::Handler
  *G::Skyline is renamed to G::IO
  *moved G::IO::Bioperl::convert to G::IO::_bp2gb. removed G::IO::Bioperl.
  *bug with BioPerl instances fixed.
  *G::DB::BDBI is renamed to G::DB::Handler
  *G::DB::Boranch is merged with G::DB::SDB and is removed.
  *minor modifications to G::DB::BDB




Kazuharu Arakawa, Ph.D.
Institute for Advanced Biosciences, Keio University
252-8520 Japan   Tel/Fax: +81-466-47-5099 



From gaou ＠ sfc.keio.ac.jp  Fri Sep 14 21:51:40 2007
From: gaou ＠ sfc.keio.ac.jp (Kazuharu Arakawa)
Date: Fri, 14 Sep 2007 21:51:40 +0900
Subject: [Glang-devel] G::Tools::PBS
Message-ID: <85788D4C-2AFB-4832-9AD8-2357F54A25AE@sfc.keio.ac.jp>

g.

Inspireの実装に伴い、あまり誰も使っていないと思われる
G::Tools::PBS (PBSによる分散処理の単純なwrapper）を
削除したいと思います。異論あるかたは返信ください。

あとは極端に使用頻度が低い以下のモジュールの削除も検討
しています。異論がある場合返信ください。

G::Tools::EPCR
G::Tools::H2v

G::SystemsBiology::DotEのBio::ECellへの移行も検討中です。




Kazuharu Arakawa, Ph.D.
Institute for Advanced Biosciences, Keio University
252-8520 Japan   Tel/Fax: +81-466-47-5099 



From gaou ＠ sfc.keio.ac.jp  Thu Sep 27 00:48:55 2007
From: gaou ＠ sfc.keio.ac.jp (Kazuharu Arakawa)
Date: Thu, 27 Sep 2007 00:48:55 +0900
Subject: [Glang-devel] 1.7.5 released
Message-ID: <11D988FA-63E5-4A0D-82AE-D4D6D3583E70@sfc.keio.ac.jp>

g.

1.7.5リリースしました。

リファクタリングが中心です。1.8.x系は基本的にインラインドキュメント
の整備とコード最適化にする予定なので、大規模な変更は1.7.x系で
すませたいと思っています。



主な変更点は以下の通り。

===== v.1.7.5    2007.09.26 =====
  *added $gb->around_startcodon() and $gb->around_stopcodon()
  *removed G::Seq::Eliminate::eliminate_pat(). try the following instead:

  foreach $cds ($gb->cds()){
      next if ($gb->around_startcodon($cds, 50, 50) =~ /pattern/);
  }

  *removed G::Seq::Eliminate::valid_CDS(). try the following instead:

  foreach $cds ($gb->cds()){
      my $genelength = length($gb->get_geneseq($cds))
      next if ($genelength > 10000 || $genelength < 20);
  }

  *moved G::Seq::Eliminate::eliminate_atg to G::Seq::Util::filter_cds_by_atg. G::Seq::Eliminate is deprecated.
  *removed maskseq, pasteseq, cds_echo, print_gene_function_list, atgcon from G::Seq::Util
  *removed find_identical_gene, pseudo_atg from G::Seq::ORF
  *fixed new G("file", "longest orf annotation");
  *moved and rewritten longest_ORF to G::Seq::Util. G::Seq::ORF is now removed.
  *G::Tools::(PBS|H2v|EPCR) are now deprecated.
  *G::System::STeP is now deprecated.




Kazuharu Arakawa, Ph.D.
Institute for Advanced Biosciences, Keio University
252-8520 Japan   Tel/Fax: +81-466-47-5099