From gaou ＠ sfc.keio.ac.jp Wed May 30 21:22:46 2007 From: gaou ＠ sfc.keio.ac.jp (Kazuharu Arakawa) Date: Wed, 30 May 2007 21:22:46 +0900 Subject: [Glang-devel] =?iso-2022-jp?b?GyRCJWEhPCVqJXMlMCVqJTklSDpuGyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCQC4kTiVGJTklSBsoQg==?= Message-ID: g. テストメールです。 Kazuharu Arakawa, Ph.D. Institute for Advanced Biosciences, Keio University 252-8520 Japan Tel/Fax: +81-466-47-5099 From gaou ＠ sfc.keio.ac.jp Wed May 30 22:22:40 2007 From: gaou ＠ sfc.keio.ac.jp (Kazuharu Arakawa) Date: Wed, 30 May 2007 22:22:40 +0900 Subject: [Glang-devel] =?iso-2022-jp?b?Ry1sYW5ndWFnZSBQcm9qZWN0?= =?iso-2022-jp?b?GyRCRnxLXDhsPnBKcyVhJXMlRiVKITxKZz04GyhC?= Message-ID: g. さて、内部限定メーリングリストや内部ページを廃し、開発体制から オープンなプロジェクトとしてG-language Projectを立て直そうと しているところですが、日本語情報と英語情報の間でうまく連携を とっていくために、 1. メインの開発はsourceforge.netで、英語で行う 2. ウェブページ、ドキュメントはg-language.orgで英語・日本語の 　両方で行う 3. 開発者の間の議論（glang-devel）やユーザの意見交換(glang-users) 　はsourceforge.jpで日本語で行う の３本柱にしたいと思います。 当面1と2は僕がメンテナーになる予定ですが、3に関してメンテナー を募集します。 一番やってもらいたいことは、1のMLで流れるうち、リリースなどの 重要な情報に関して日本語でglang-usersに流してもらうことです。 どなたか是非立候補していただけませんか？ Kazuharu Arakawa, Ph.D. Institute for Advanced Biosciences, Keio University 252-8520 Japan Tel/Fax: +81-466-47-5099 From gaou ＠ sfc.keio.ac.jp Thu May 31 05:53:25 2007 From: gaou ＠ sfc.keio.ac.jp (Kazuharu Arakawa) Date: Thu, 31 May 2007 05:53:25 +0900 Subject: [Glang-devel] =?iso-2022-jp?b?GyRCPzclLyVpJTkbKEIgRzo6U2hlbGw6?= =?iso-2022-jp?b?Og==?= Message-ID: g. BioRubyとかと合わせるために、いままでインタプリタと呼んでいた ものをなるべく"Shell"と呼ぶ事にします。 そして、ちょっと肥大化しつつあるGコマンドを縮小するため、 あらたにG::Shellクラスを作り、ここにシェルの実体を置きます。 Gコマンドは実質このG::Shellクラスを継承するスクリプトにします。 Kazuharu Arakawa, Ph.D. Institute for Advanced Biosciences, Keio University 252-8520 Japan Tel/Fax: +81-466-47-5099 From gaou ＠ sfc.keio.ac.jp Thu May 31 09:46:28 2007 From: gaou ＠ sfc.keio.ac.jp (gaou) Date: Thu, 31 May 2007 09:46:28 +0900 Subject: [Glang-devel] =?iso-2022-jp?b?RndkOiBbR2xhbmctdXNlcnNdIHYuMS42?= =?iso-2022-jp?b?LjUbJEIlaiVqITwlORsoQg==?= References: Message-ID: g. この機能、設計に大分長いこと悩みました。 EMBOSSみたいにドキュメントだけ別ファイルにする ことも考えたのですが、最終的なアーキテクチャは以下の 通りです。 1. 初回ヘルプコマンド実行時にデータベース作成 2. 実行されているGのモジュールの位置を把握 3. 実行されているGのモジュール、BioPerlの全ソース コード 　を読み、ソースコード内に存在するPerldocをパース 4. ドキュメントデータベースをキャッシュ 　次回以降のヘルプコマンドはここを参照 5. 検索は全てメモリ内で行う あとはコードを最適化することで、結果的にドキュメントを 別ファイルで管理しなくてよいメンテナンス上の利点に 加え、検索を圧倒的に高速に行えるようにしてみました。 Kazuharu Arakawa, Ph.D. Institute for Advanced Biosciences, Keio University 252-8520 Japan Tel/Fax: +81-466-47-5099 Begin forwarded message: > From: Kazuharu Arakawa > Date: 2007年5月31日 7:56:41:JST > To: glang-users ＠ lists.sourceforge.jp > Subject: [Glang-users] v.1.6.5リリース > > g. > > v.1.6.5をリリースしました。 > > 1.6.5の重要な機能は、G-language Shell（インタプリタと呼 > んでいたもの） > のヘルプ機能です。 > > これまで、Gは関数が多いものの、何をどう使えばいいのかが > わからない > 状態でした。しかし、1.6.5からはG-language Shell上 > で、 > 　help <関数名> > と打ちます。例えば > 　help gcskew > と打つと、gcskew関数に関するマニュアルをみることができま > す。 > > また、マニュアルを検索して該当する関数を探すこともできます。そ > のときには > 　help -s <キーワード> > と打ちます。例えば > G >help -s GC skew > Found keyword "GC skew" in the following manual pages. > bui > cum_gcskew > gcskew > genomicskew > > さらに画期的なことに、helpはGのマニュアルだけでな > く、BioPerlの > マニュアルも検索します。そのため、 > help -s　は全てのマニュアルを > help -g　はGのマニュアルのみを > help -bp はBioPerlのマニュアルのみを検索します。 > > この辺のオプションを忘れたら、単純に > 　help > あるいは > 　help help > と打ってください。 > > > > > Kazuharu Arakawa, Ph.D. > Institute for Advanced Biosciences, Keio University > 252-8520 Japan Tel/Fax: +81-466-47-5099 > > _______________________________________________ > Glang-users mailing list > Glang-users ＠ lists.sourceforge.jp > http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/glang-users